يهدف البرنامج إلى تمكين القطاع الحكومي بإمارة الفجيرة من التفوق بالأداء والخدمات، واكتشاف وتطوير الطاقات البشرية، ودعم سياسة التميز والإبداع في عمل المؤسسات الحكومية المحلية وخلق التنافس بينها ضمن معايير التميز العالمية، إضافةً إلى تأسيس ودعم الشراكة الاستراتيجية بين الدوائر المحلية والقطاع الخاص إقليمياً وعالمياً.
ويتضمن «برنامج الفجيرة للتميز الحكومي» 3 فروع رئيسية هي: برنامج جائزة التميز، وبرنامج التطوير القيادي، وبرنامج دعم التميز والإبداع المؤسسي، حيث يتولى برنامج جائزة التميز وضع أسس ومعايير التميز في الأداء الحكومي، وتقييم وتحكيم الجائزة، وتقديم الدعم المهني اللازم.
وتوكل إلى برنامج التطوير القيادي مهام وضع نظام اكتشاف القيادات الإدارية واستقطاب العناصر البشرية وتطويرها، بينما يتولى برنامج دعم التميز والإبداع المؤسسي دراسة الاحتياجات التطويرية للدوائر وتقديم الدعم الفني والمهني لها، ونشر الممارسات التطويرية وتبادل الخبرات بين الأطراف المعنية.